Satu kontroversi utama dalam program imunisasi ini ialah dakwaan sesetengah pihak kenamaan yang sengaja melanggar giliran pemerolehan vaksin untuk divaksin secepat mungkin, atau dalam istilah lazim, "memotong barisan" untuk memperoleh vaksin tanpa menghiraukan pihak barisan hadapan yang sepatutnya didahulukan. Satu kes utama ialah dakwaan ahli Setiausaha Kerajaan Kelantan (SUK) yang memotong barisan giliran pemvaksinan lalu menyebabkan sesetengah pegawai perubatan dipinggirkan daripada divaksin terlebih dahulu; dakwaan ini disahkan sebagai berita palsu oleh pihak kerajaan negeri tersebut.[11][12] Meskipun begitu, pihak kerajaan berusaha dalam menangani isu ini sama ada dengan denda sebanyak RM50,000 atau penjara enam bulan atau kedua-duanya sekali dan dikenakan kepada mana-mana pihak yang ingin melakukan tindakan sedemikian.[13][14]

Pegangan dan penyebaran fahaman antivaksin oleh sesetengah pihak menjadi isu utama dalam proses imunisasi ini, dan selalunya mengguna pakai platform atas talian untuk menyebarkan fahaman sebegitu. Lazimnya, sebaran fahaman antivaksin ini dibuat untuk memberi ruang kepada sesetengah pihak untuk mempromosikan produk-produk alternatif yang didakwa dapat memberi perlindungan daripada COVID-19.[15] Oleh itu, pihak berkuasa bercadang menetapkan tindakan terhadap penyebar fahaman antivaksin berdasarkan undang-undang hasutan dan maklumat palsu atas talian.[16][17]